Cuando los viajes aéreos se detuvieron casi por completo en marzo / abril de 2020, el número de importaciones virales detectables en África disminuyó y la pandemia entró en una fase que se caracterizó en África subsahariana por niveles bajos sostenidos de movimientos dentro del país y ocasionales movimientos virales entre países vecinos, presumiblemente a través de enlaces por carretera y ferrocarril. Muestreado por primera vez el 8 de octubre de 2020 en Sudáfrica (el análisis sugiere que surgió antes, alrededor de agosto de 2020), B.1.351 se convirtió en el linaje Sars-CoV-2 detectado con mayor frecuencia en África.
Los científicos que realizan análisis de vigilancia genómica de Sars-CoV-2 en África advierten que el continente podría convertirse en un caldo de cultivo para nuevas variantes de Coronavirus.
Su sombría advertencia, dicen, se basa en aumentos detectados en el número de eventos de exportación de África al resto del mundo entre diciembre de 2020 y marzo de 2021.
“Describimos la aparición y propagación de una serie de variantes clave de Sars-CoV-2 en África, y destacamos cómo la propagación de B.1.351 (Beta) (501Y.V2) y otras variantes contribuyeron a la segunda ola más severa de la pandemia en muchos países», dice un nuevo informe titulado «Un año de vigilancia genómica revela cómo se desarrolló la pandemia Sars-CoV-2 en África».
El análisis de los datos genómicos de Sars-CoV-2 de 33 países africanos y dos territorios de ultramar para ayudar a caracterizar la dinámica de la pandemia en África, también muestra que aunque las primeras introducciones fueron predominantemente de Europa, a medida que la pandemia progresó, hubo una creciente propagación entre los países africanos. En total, los investigadores dicen que detectaron al menos 757 (95 por ciento) introducciones virales en países africanos entre principios de 2020 y febrero de 2021, más de la mitad de las cuales ocurrieron antes de finales de mayo de 2020.
Cuando los viajes aéreos se detuvieron casi por completo en marzo / abril de 2020, el número de importaciones virales detectables en África disminuyó y la pandemia entró en una fase que se caracterizó en África subsahariana por niveles bajos sostenidos de movimientos dentro del país y ocasionales movimientos virales entre países vecinos, presumiblemente a través de enlaces por carretera y ferrocarril. Aunque algunos puestos fronterizos entre países se cerraron durante el período de cierre inicial, otros permanecieron abiertos para permitir que continuara el comercio.
“La propagación rápida y sin obstáculos de B.1.351 en estos países sugiere que los controles fronterizos terrestres actuales que están destinados a frenar la propagación internacional del virus son ineficaces. Quizás las pruebas específicas de los viajeros transfronterizos, la genotipificación de los casos positivos y el seguimiento centrado de los viajeros transfronterizos frecuentes, como los camioneros de larga distancia, podrían contener de manera más efectiva la propagación de los futuros VOC y VOI que surgen dentro de esta región”, dice el investigador.
Muestreado por primera vez el 8 de octubre de 2020 en Sudáfrica (el análisis sugiere que surgió antes, alrededor de agosto de 2020), B.1.351 se convirtió en el linaje Sars-CoV-2 detectado con mayor frecuencia en África. Esto se introdujo varias veces en países africanos y se ha detectado en todos menos uno de los países incluidos en este análisis. Se define por 10 mutaciones en la proteína de pico.
Para noviembre de 2020, la variante se había extendido a los vecinos Botswana y Mozambique y para diciembre de 2020 había llegado a Zambia y Mayotte. En los primeros tres meses de 2021, se produjeron más exportaciones de Sudáfrica a Botswana, Zimbabwe, Mozambique y Zambia. En marzo de 2021, B.1.351 se había convertido en el linaje dominante en la mayoría de los países del sur de África, así como en los territorios de ultramar de Mayotte y Reunión.
La reconstrucción de los científicos también demuestra el movimiento de B.1.351 hacia el este y centro de África directamente desde el sur de África. El análisis de una muestra más amplia de aislamientos de B.1.351 demuestra la propagación del linaje en África occidental. Un paciente de África Occidental tenía un historial de viajes conocido a Europa, por lo que es posible que el paciente haya contraído la infección mientras estaba en Europa o en tránsito y no de otras fuentes africanas.
Según una reconstrucción de este estudio, B.1.525, muestreado por primera vez y que inicialmente se cree que se originó en el Reino Unido a mediados de diciembre de 2020, se originó en Nigeria en noviembre de 2020. Desde entonces, se ha extendido por gran parte de Nigeria y la vecina Ghana. Dado el escaso muestreo de otros países vecinos dentro de África occidental y central, el alcance de su propagación en la región no está claro, según los investigadores. Más allá de África, se ha extendido a Europa y Estados Unidos.
A.23.1, otro virus de interés, se detectó por primera vez en una prisión de Uganda en Amuru en julio de 2020, desde donde se transmitió el linaje a la prisión de Kitgum, posiblemente facilitado por el traslado de prisioneros. Posteriormente, se extendió a la población en general y se extendió a Kampala, agregando otras mutaciones en el camino. Desde entonces se ha extendido regionalmente a los vecinos Ruanda y Kenia y ahora también ha llegado a Sudáfrica y Botswana en el sur y Ghana en el oeste.
“Sin embargo, nuestra reconstrucción de A.23.1 sugiere que la introducción en Ghana puede haber ocurrido a través de Europa, mientras que las introducciones en el sur de África probablemente ocurrieron directamente desde el este de África. Esto es consistente con los datos epidemiológicos que sugieren que el caso detectado en Sudáfrica fue un contacto de una persona que había viajado recientemente a Kenia”, dice el informe.
Otra variante de interés, C.1, surgió en Johannesburgo y se extendió por Sudáfrica durante la primera ola en marzo de 2020 durante un brote de racimo antes de la primera ola de la epidemia. Se extendió a Zambia (junio-julio de 2020) y Mozambique (julio-agosto de 2020), se transformó en C.1.1, aparentemente en Mozambique a mediados de septiembre de 2020. Allí, se convirtió en el C.1.1 más prevalente linaje hasta la introducción de B.1.351, que ha dominado la epidemia desde entonces.
Transmisión local
La variante preocupante B.1.1.7, muestreada por primera vez en Kent, Inglaterra en septiembre de 2020, también ha aumentado en prevalencia en varios (11) países africanos. El estudio sugiere que este linaje se introdujo en África en al menos 16 ocasiones entre noviembre de 2020 y febrero de 2021 con evidencia de transmisión local en Nigeria y Ghana.
Sin embargo, los científicos dicen que las introducciones identificadas son solo la punta del iceberg. También dicen que, aunque África representa una proporción relativamente baja de casos y muertes reportados, las cifras se han distorsionado por las bajas cifras de muestreo y los puntos ciegos.
A lo largo de la pandemia de Covid-19, señalan los investigadores, «los datos emergentes de las encuestas de seroprevalencia y los estudios de autopsias en algunos países africanos sugieren que el número real de infecciones y muertes puede ser mayor de lo informado».
Sudáfrica, Kenia y Nigeria aparecen como las principales fuentes de importaciones a otros países africanos.
“Aunque es probable que esto se vea influenciado por estos tres países que tienen el mayor número de secuencias depositadas. Particularmente sorprendente es la región del sur de África, donde Sudáfrica es la fuente de una gran proporción (alrededor del 80 por ciento) de las importaciones a otros países de la región. La región del norte de África muestra un patrón diferente al resto del continente, con más introducciones virales de Europa y Asia (particularmente el Medio Oriente) que de otros países africanos”, dijo el informe.
Aún más interesante son los hallazgos de que África también ha contribuido a la propagación internacional del virus con al menos 324 eventos de exportación de África al resto del mundo detectados en el conjunto de datos de los investigadores.
Un aumento en el número de eventos de exportación ocurrió entre diciembre de 2020 y marzo de 2021, que coincidió con la segunda ola de infecciones en África y con algunas relajaciones de las restricciones de viaje en todo el mundo.
“El lento despliegue de las vacunas en la mayoría de los países africanos crea un entorno en el que el virus puede replicarse y evolucionar: es casi seguro que esto producirá variantes adicionales preocupantes, cualquiera de las cuales podría descarrilar la lucha global contra Covid-19”, dijo el informe.
El científico principal, Eduan Wilkinson, de la Universidad de Stellenbosch, Sudáfrica, dice: «Si la pandemia no se controla en África, es posible que veamos la producción de variantes de escape de la vacuna que pueden afectar profundamente a la población en África y en todo el mundo».
Pero aunque la fase inicial de la pandemia estuvo dominada por importaciones de fuera de África, principalmente de Europa, hubo un cambio en la dinámica, con un aumento de las importaciones intraafricanas a medida que avanzaba la pandemia.
Aunque los virus del linaje A se importaron a varios países africanos, solo representan el 1,3% de los genomas muestreados en África. A pesar de que los virus del linaje A inicialmente causaron muchos brotes agrupados localizados, luego fueron reemplazados en gran parte por virus del linaje B a medida que evolucionó la pandemia. Esto posiblemente se deba al aumento de la transmisibilidad de los virus del linaje B en virtud de la mutación en pico. Sin embargo, existe evidencia de una prevalencia creciente de linaje.
Los virus ‘A’ en algunos países africanos (11), en particular, A.23.1, surgieron en África Oriental y parecen estar aumentando rápidamente en prevalencia en Uganda y Ruanda. Además, recientemente se identificó una variante muy divergente del linaje A en Angola a partir de individuos que llegaban de Tanzania.
